Identifying functional modules using MST-based weighted gene co-expression networks

Conference proceedings article

ผู้เขียน/บรรณาธิการ

กลุ่มสาขาการวิจัยเชิงกลยุทธ์

ไม่พบข้อมูลที่เกี่ยวข้อง

รายละเอียดสำหรับงานพิมพ์

รายชื่อผู้แต่ง: Chanthaphan A., Prom-on S., Meechai A., Chan J.

ผู้เผยแพร่: Hindawi

ปีที่เผยแพร่ (ค.ศ.): 2009

หน้าแรก: 192

หน้าสุดท้าย: 199

จำนวนหน้า: 8

ISBN: 9780769536569

นอก: 0146-9428

eISSN: 1745-4557

URL: https://www.scopus.com/inward/record.uri?eid=2-s2.0-70449345897&doi=10.1109%2fBIBE.2009.35&partnerID=40&md5=c503bced73f8d6116de0fb2332c24f2e

ภาษา: English-Great Britain (EN-GB)

ดูในเว็บของวิทยาศาสตร์ | ดูบนเว็บไซต์ของสำนักพิมพ์ | บทความในเว็บของวิทยาศาสตร์

บทคัดย่อ

This paper proposes an effective method for identifying functional modules of the weighted gene coexpression network using a minimum spanning tree (MST) approach coupled with network neighborhood connectivity. The MST-based gene co-expression network was reconstructed to serve as the backbone of gene co-expression network. Highly connected hub genes were identified based on the connectivity of the backbone network. All sub-networks were extracted by expanding from the hub genes to their neighborhood genes. Finally, functional modules were identified by integrating subnetworks with similar gene expression profiles. We tested the method with both simulated and autism spectrum disorder microarray data sets. The results show that our approach is better in highlighting the hub genes and can effectively identify functional modules with highly enriched pathways. ฉ 2009 IEEE.

คำสำคัญ

Functional module, Hub genes, Minimum spanning tree, Scaled connectivity measures, Weighted gene co-expression network