Extended constraint-based boolean analysis: A computational method in genetic network inference
Conference proceedings article
ผู้เขียน/บรรณาธิการ
กลุ่มสาขาการวิจัยเชิงกลยุทธ์
ไม่พบข้อมูลที่เกี่ยวข้อง
รายละเอียดสำหรับงานพิมพ์
รายชื่อผู้แต่ง: Bumee S., Liamwirat C., Saithong T., Meechai A.
ผู้เผยแพร่: Springer Verlag (Germany): Computer Proceedings
ปีที่เผยแพร่ (ค.ศ.): 2010
Volume number: 115 CCIS
หน้าแรก: 71
หน้าสุดท้าย: 82
จำนวนหน้า: 12
ISBN: 3642167497; 9783642167492
นอก: 1865-0929
ภาษา: English-Great Britain (EN-GB)
ดูในเว็บของวิทยาศาสตร์ | ดูบนเว็บไซต์ของสำนักพิมพ์ | บทความในเว็บของวิทยาศาสตร์
บทคัดย่อ
Reconstruction of a genetic network, which describes gene regulation of cellular response processes, has been widely studied by using various approaches. Some of which are computational expensive and require enormous efforts. Herein, we proposed anextended constraint-based Boolean to infer genetic network. Our method incorporated the specific constraints for a particular system in addition to the general conceptual constraints of a typical genetic circuit, to improve the performance of the existing constraint-based Boolean algorithm. This method was demonstrated in inference of the genetic network underlying circadian rhythms from microarray time series data. The results showed that the proposed method provides good accuracy, specificity, and precision under the trade-off of computational efforts. Moreover, the resulting network showed that prior knowledge is a useful bias for modeling genetic network. The proposed method is therefore a promising alternative approach for inferring genetic network from high-throughput data, such as microarray. ฉ 2010 Springer-Verlag Berlin Heidelberg.
คำสำคัญ
conceptual constraints, extended constraint-based Boolean, Genetic network, specific constraints
ติดต่อสอบถามเพิ่มเติมได้ที่