Gene-set profiles: Visualizing dissimilarity within gene co-expression networks for biomarker identification
Conference proceedings article
ผู้เขียน/บรรณาธิการ
กลุ่มสาขาการวิจัยเชิงกลยุทธ์
ไม่พบข้อมูลที่เกี่ยวข้อง
รายละเอียดสำหรับงานพิมพ์
รายชื่อผู้แต่ง: Shama S., Lu P., Doungpan N., Meechai A., Chan J.H.
ผู้เผยแพร่: Hindawi
ปีที่เผยแพร่ (ค.ศ.): 2017
Volume number: Part F130152
หน้าแรก: 79
หน้าสุดท้าย: 80
จำนวนหน้า: 2
ISBN: 9781450352925
นอก: 0146-9428
eISSN: 1745-4557
ภาษา: English-Great Britain (EN-GB)
บทคัดย่อ
We present a method to visualize gene co-expression from microarray data by plotting profiles of dissimilarity within gene-sets of biological pathways. A gene co-expression network is created by computing the correlation between each gene pair in a gene-set. We transform the networks into scale-free networks in order to calculate the dissimilarity weights that are used to create our profiles. Our approach further distinguishes between gene pairs consisting of both, one, or no statistically significant genes. We and that the shapes and density of the profiles provide useful information for identification of disease gene biomarkers. Our results provide a means of visualizing the overall distribution of gene dissimilarity for each gene-set, as well as how gene dissimilarity is linked to the mutual signifi?cance of gene pairs within a gene-set. ฉ 2017 Copyright held by the owner/author(s).
คำสำคัญ
biomarker, Dissimilarity, Gene co-expression network, gene-set profile, topological overlap,, WGCNA
ติดต่อสอบถามเพิ่มเติมได้ที่