Transcriptomic analysis of aggregatibacter actinomycetemcomitans core and accessory genes in different growth conditions
บทความในวารสาร
ผู้เขียน/บรรณาธิการ
กลุ่มสาขาการวิจัยเชิงกลยุทธ์
ไม่พบข้อมูลที่เกี่ยวข้อง
รายละเอียดสำหรับงานพิมพ์
รายชื่อผู้แต่ง: Tjokro N.O., Kittichotirat W., Torittu A., Ihalin R., Bumgarner R.E., Chen C.
ผู้เผยแพร่: MDPI AG
ปีที่เผยแพร่ (ค.ศ.): 2019
Volume number: 8
Issue number: 4
นอก: 2076-0817
eISSN: 2076-0817
ภาษา: English-Great Britain (EN-GB)
ดูในเว็บของวิทยาศาสตร์ | ดูบนเว็บไซต์ของสำนักพิมพ์ | บทความในเว็บของวิทยาศาสตร์
บทคัดย่อ
Aggregatibacter actinomycetemcomitans genome can be divided into an accessory gene pool (found in some but not all strains) and a core gene pool (found in all strains). The functions of the accessory genes (genomic islands and non-island accessory genes) are largely unknown. We hypothesize that accessory genes confer critical functions for A. actinomycetemcomitans in vivo. This study examined the expression patterns of accessory and core genes of A. actinomycetemcomitans in distinct growth conditions. We found similar expression patterns of island and non-island accessory genes, which were generally lower than the core genes in all growth conditions. The median expression levels of genomic islands were 29%–37% of the core genes in enriched medium but elevated to as high as 63% of the core genes in nutrient-limited media. Several putative virulence genes, including the cytolethal distending toxin operon, were found to be activated in nutrient-limited conditions. In conclusion, genomic islands and non-island accessory genes exhibited distinct patterns of expression from the core genes and may play a role in the survival of A. actinomycetemcomitans in nutrient-limited environments. © 2019 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.
คำสำคัญ
A. actinomycetemcomitans, Accessory genes, Core genes, Differentially expressed genes, Nutrient limitation, RNA-Seq
ติดต่อสอบถามเพิ่มเติมได้ที่