Comparative genomics of Edwardsiella ictaluri revealed four distinct host-specific genotypes and thirteen potential vaccine candidates

บทความในวารสาร

ผู้เขียน/บรรณาธิการ

กลุ่มสาขาการวิจัยเชิงกลยุทธ์

รายละเอียดสำหรับงานพิมพ์

รายชื่อผู้แต่ง: Machimbirike V.I., Uthaipaisanwong P., Khunrae P., Dong H.T., Senapin S., Rattanarojpong T., Sutheeworapong S.

ผู้เผยแพร่: Elsevier

ปีที่เผยแพร่ (ค.ศ.): 2021

ชื่อย่อของวารสาร: Genomics

Volume number: 113

Issue number: 4

หน้าแรก: 1976

หน้าสุดท้าย: 1987

จำนวนหน้า: 12

นอก: 0888-7543

URL: https://www.scopus.com/inward/record.uri?eid=2-s2.0-85104906694&doi=10.1016%2fj.ygeno.2021.04.016&partnerID=40&md5=2639b7e3767ad5cb9522ff6f09065172

ภาษา: English-Great Britain (EN-GB)

ดูในเว็บของวิทยาศาสตร์ | ดูบนเว็บไซต์ของสำนักพิมพ์ | บทความในเว็บของวิทยาศาสตร์

บทคัดย่อ

Edwardsiella ictaluri has been considered an important threat for catfish aquaculture industry for more than 4 decades and an emerging pathogen of farmed tilapia but only 9 sequenced genomes were publicly available. We hereby report two new complete genomes of E. ictaluri originated from diseased hybrid red tilapia (Oreochromis sp.) and striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) in Southeast Asia. E. ictaluri species has an open pan-genome consisting of 2615 core genes and 5592 pan genes. Phylogenetic analysis using core genome MLST (cgMLST) and ANI values consistently placed E. ictaluri isolates into 4 host-specific genotypes. Presence of unique genes and absence of certain genes from each genotype provided potential biomarkers for further development of genotyping scheme. Vaccine candidates with high antigenic, solubility and secretion probabilities were identified in silico from the core genes. Microevolution within the species is brought about by bacteriophages and insertion elements and possibly drive host adaptation. © 2021 Elsevier Inc.

คำสำคัญ

Biomarkers, Complete genome, Host-specific genotypes, Pangenome analysis, Vaccine candidates